Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone Năm 2000, thế giới oằn mình hứng chịu cú sốc kinh hoàng mang tên "Tác Động Thứ Hai", để lại đống đổ nát và nỗi ám ảnh khôn nguôi. Trong bối cảnh u ám đó, cậu thiếu niên Shinji Ikari, mồ côi mẹ và sống xa lánh người cha lạnh lùng, dường như chỉ còn lại sự cô đơn.
Rồi năm 2015, một lời triệu tập bí ẩn từ người cha đã đưa Shinji đến Neo Tokyo-3. Vừa đặt chân đến, cậu đã chứng kiến cảnh tượng kinh hoàng: những sinh vật khổng lồ, được gọi là ANGEL, đang tàn phá thành phố. Được một cô gái bí ẩn tên Misato đón tiếp, Shinji được đưa đến NERV, một căn cứ ngầm bí mật nơi người cha quyền lực của cậu đang chỉ huy.
Tại đây, Shinji phải đối mặt với một quyết định thay đổi cuộc đời. Cậu được giao nhiệm vụ điều khiển một robot khổng lồ, EVA, để chiến đấu với ANGEL. Dù ban đầu chần chừ, nhưng khi nhìn thấy cô bé Ayanami Rei, một chiến binh trẻ tuổi yếu ớt, bị thương tích nặng nề chuẩn bị vào buồng lái, Shinji đã không thể khoanh tay đứng nhìn. Cậu quyết định bước vào cỗ máy chiến đấu, chấp nhận gánh vác trách nhiệm nặng nề, dấn thân vào cuộc chiến sinh tử để bảo vệ nhân loại.