Digimon X-Evolution Thế giới Kỹ Thuật Số, nơi sinh sống của vô vàn Digimon, bỗng chốc trở nên chật chội đến mức thần tối cao Yggdrasil phải đau đầu. Để giải quyết vấn đề, một kế hoạch tàn khốc mang tên "Project Ark" được khởi động, với "Chương Trình X" là mũi nhọn. Mục tiêu: thanh lọc toàn bộ, chỉ cho phép những Digimon được chọn tiếp tục tồn tại trong một thế giới mới.
Nhưng số phận luôn có những ngã rẽ bất ngờ. Một nhóm Digimon đặc biệt, mang trong mình "Kháng Thể X", đã may mắn thoát khỏi lưỡi hái tử thần. Chúng không chỉ sống sót mà còn tiến hóa theo những con đường độc đáo, vượt xa những gì Yggdrasil dự kiến.
Thay vì chấp nhận, vị thần tối cao lại coi những Digimon kháng thể X này là mối đe dọa, là kẻ dị biệt cần phải loại trừ. Thế là, cuộc chiến sinh tử đã chính thức bắt đầu! Giữa một bên là những Digimon nhỏ bé nhưng đầy sức mạnh tiềm ẩn, và một bên là Yggdrasil với quyền năng vô hạn, cuộc chiến này không chỉ là cuộc chiến tranh giành sự sống còn, mà còn là cuộc chiến tranh giành quyền được tồn tại, quyền được là chính mình trong một thế giới hỗn loạn. Liệu các Digimon kháng thể X có thể xoay chuyển tình thế, chứng minh giá trị của mình và lật đổ sự độc tài của Yggdrasil?