Cô bé người cá Ponyo Giữa biển cả bao la, công chúa người cá Bru, thay vì tận hưởng cuộc sống vương giả, lại lao mình vào cuộc trốn chạy đầy mạo hiểm. Thoát khỏi cung điện xa hoa của cha, Bru vô tình bị cuốn vào một chiếc lọ thủy tinh, lênh đênh theo dòng nước xiết. Biển cả xô đẩy cô đến một bờ biển xa lạ, nơi đất nước Mặt Trời mọc, Nhật Bản, hiện ra trước mắt.
Gần đó, ẩn mình trong vẻ yên bình của thiên nhiên, là một thị trấn nhỏ xinh xắn. Tại nơi đây, cậu bé Sousuke, chỉ mới năm tuổi, đang tận hưởng những tháng ngày ấu thơ bên gia đình. Cuộc sống của Sousuke êm đềm đến lạ thường, cho đến một ngày định mệnh, khi biển cả mang đến cho cậu một người bạn mới, một nàng tiên cá nhỏ bé mang tên Bru...